O controle da Administração Pública é realizado pelos órgãos externos de fiscalização, tanto pelos Tribunais de Contas quanto pelo Ministério Público e Poder Judiciário. O controle interno do Estado de São Paulo é exercido pela Corregedoria Geral da Administração e, também, pela Secretaria da Fazenda e Planejamento por meio do Departamento de Controle e Avaliação.
Já o controle interno do CPS é exercido pela Controladoria Interna da autarquia, assessoria que detém como finalidade realizar atividades preventivas e corretivas, interagindo com o controle externo, quando necessário.
A introdução de novos mecanismos de controle e revisão da estrutura de controle na Administração Pública, tais como: a aprovação da Lei da Anticorrupção e da Lei de Acesso à Informação, a criação de um Programa de Integridade na gestão pública, a criação de um Conselho de Transparência Pública e Combate à Corrupção, a criação do Estatuto das Empresas Estatais, tem denotado a grande preocupação das instituições e do legislativo em robustecer, cada vez mais, as boas práticas e a retidão da conduta administrativa.
A Constituição Federal de 1988 trouxe nos artigos 31, 70 e 74 a preocupação do legislador com a atividade de controle e o combate a conduta improba.
O mesmo ocorreu quando do advento da Lei de Responsabilidade Fiscal, cujo teor enalteceu a boa gestão pública e representou enorme progresso na atuação preventiva das instituições, privilegiando assim, o interesse público e o excelente desempenho administrativo.
De forma simplificada e ampla, a instauração de um Controle Interno, nada mais é do que o cumprimento de uma exigência constitucional.